Im ehemaligen USIA-Betrieb Glanzstoff baute Sektionsleiter Hermann Gänger 1955 die erste Judo-Sektion in St. Pölten auf. Auf alten Matratzen lernten die St. Pöltner Judopioniere – darunter Karl Preibich, Johann Killian (Obmann), Herbert Holzschuster und Alois Steinwendtner – die damals noch junge Sportart. Als einer der besten Judo-Sportler galt Walter Lechner.
Eine Reihe von Judoka sahen aber in der Folge keine sportlichen Perspektiven im Sportverein Glanzstoff und wechselten zum 1957 gegründeten ATUS St. Pölten. Mit Manfred Zeller, Manfred Seehofer, Anton Korntheuer, Adi Seilinger, Fritz Frühwald, Manfred Edtmayer, Peter Hanisch, Vittorio Nicoloso, Fritz Pandion und Robert Zeller zählte der Klub schon baldzu den Besten in Niederösterreich. 1965 übernahm Manfred Zeller gemeinsam mit Manfred Seehofer die Judosektion. Unter ihrer sportlichen Leitungholten sich Peter und Erwin Otter, Karl Moser sowie Paul Schabl in den Jahren 1980 bis 1986 mehrere österreichische Meistertitel.
Im November 1987 kam es aber zum Bruch zwischen Manfred Zeller und der Vereinsführung: Zeller verließ seinen Stammklub und landete über ATUS Purkersdorf 1988 bei der UNION St. Pölten, wo er gemeinsam mit Dr. Michael Futter, Peter Mayrhofer und Alexandra Zeller die UJS „Mifune“ St. Pölten aufbaute. Aber auch hier sahen einige Leistungsträger keine Zukunft, um ihre sportlichen Zielezu erreichen. Sie verließen den Verein – ein massiver Rückschlag im Wettkampfbereich war die logische Folge. Die zuletzt erfolgreichste St. Pöltner Athletin kam übrigens aus Amstetten: Jasmin Heindl arbeitete bei der NÖ Landesregierung und meldete sich daher bei UJS an. Zwischen 1996 und 2006 nahm sie an den Österreichischen Staatsmeisterschaften teil und erreichte 2002 den dritten und 2005 den fünften Rang.
Mit der Eröffnung des neuen Turnsaales in der Daniel Gran-Volksschule fand die Judo-Sektion 2005 eine neue Heimstätte. Damit wurde erneut eine Aufwärtsentwicklung eingeleitet. Die Leitung der Sektion übernahm im September 2006 Michael Rauchecker – Unterstützung bekommt er dabei weiterhin von Dr. Michael Futter und Manfred Zeller.
Nach einer etwas ruhigeren Zeit um die Judo-Sektion wurde 2014 die Sektion von einem neuen Team übernommen. Unter der Leitung von Christoph Schmutzer konnte die Sektion wieder großen Zuwachs erlangen. Auch die Wettkampfleistung der Sektion stieg an. Schon nach kurzer Zeit konnten unter der neuen Leitung erste Wettkampfsiege verzeichnet werden.
Im Jahr 2017 gab Christoph Schmutzer aus privaten Gründen seinen Rücktritt als Sektionsleiter bekannt, ihm folgt Patrick Spiegel. Unter seiner Leitung gab es große Umstrukurierungen, die nochmals zu einem Aufschwung der Sektion Judo verhalfen. Auch konnten noch mehr Judoka für Wettkämpfe begeistert werden, was auch zu einer besseren Wettkampfleistung führte. Mit Ende 2018 Anfang 2019 wurden wieder umfassende Umstrukturierungen getätigt. Diese beziehen nicht nur den Wettkampfsport, sondern auch die Kampfkunst ein.